Dwaj główni kandydaci, Porfirio Lobo Sosa z Partii Narodowej oraz Elvin Santos z Partii Liberalnej, uznali wybory za zgodne z prawem, jako że zostały ogłoszone przez trybunał wyborczy 29 maja 2009, a więc miesiąc przed dokonaniem zamachu stanu. 16 września 2009 czterej kandydaci, Lobo Sosa, Santos, Ham oraz Bernard Martinez, w czasie spotkania z prezydentem Ariasem, wyrazili poparcie dla przedstawionego przez niego porozumienia, nie wezwali jednak bezpośrednio rządu tymczasowego do jego przyjęcia. Kampania wyborca w Hondurasie pozostawała w cieniu toczącego się konfliktu politycznego.
21 września 2009 kryzys w Hondurasie uległ zaostrzeniu, po tym jak prezydent Zelaya nieoczekiwanie powrócił do Tegucigalpy i schronił się w ambasadzie Brazylii. 24 września 2009 ONZ zawiesiła wsparcie dla Hondurasu i pomoc w organizacji wyborów prezydenckich, stwierdzając, że zaistniała sytuacja uniemożliwia ich przeprowadzenie w sposób wiarygodny. Na początku października 2009 rząd tymczasowy, w obliczu zbliżającej się daty wyborów i pod naporem międzynarodowym, zgodził się rozpocząć ponowne rozmowy negocjacyjne z przedstawicielami Zelayi. 29 października 2009, po długich negocjacjach, strony podpisały porozumienie.