Latem 1992 roku Etcheverry wrócił do Ameryki Południowej i został zawodnikiem chilijskiego CSD Colo-Colo. W 1992 roku był z nim wicemistrzem Chile, a w 1993 roku - mistrzem kraju. W 1994 roku wrócił do Boliwii i grał w Club Bolívar, z którym sięgnął po tytuł mistrza Boliwii. Z kolei w 1995 roku występował w lidze kolumbijskiej, w Américe Cali.
W 1996 roku Etcheverry podpisał kontrakt z nowo powstałą ligą Major League Soccer, a następnie został piłkarzem tamtejszego klubu D.C. United. Już w pierwszym sezonie gry w waszyngtońskim zespole wygrał MLS Cup. W finałowym meczu z Los Angeles Galaxy (3:2) zaliczył 2 asysty i został uznany najlepszym zawodnikiem finału. W tym samym roku wygrał z D.C. United U.S. Open Cup. Rok 1997 Boliwijczyk rozpoczął na wypożyczeniu w ekwadorskiej Barcelonie przyczyniając się do wywalczenia mistrzostwa Ekwadoru. W tym samym roku wrócił do D.C. United i znów wygrał MLS Cup. W 1998 roku wystąpił w przegranym 0:2 finale MLS Cup z Chicago Fire, ale za rok 1998 został uznany MVP ligi Major League Soccer. Zdobył też Puchar Mistrzów CONCACAF i Copa Interamericana. Pod koniec roku rozegrał 6 spotkań w Emeleku Guayaquil (wicemistrzostwo kraju). W 1999 roku Etcheverry wrócił do D.C. United i po raz trzeci w karierze został mistrzem Stanów Zjednoczonych. W tym samym roku był wypożyczony do Barcelony.