W czerwcu 1941 roku miejscowość została zajęta przez Niemców. W czerwcu 1942 Johann Bakcer i Arnold Doppke – gestapowcy, którzy przybyli z Ustrzyk Dolnych – rozstrzelali ok. 650 miejscowych Żydów, Polaków i 30 Romów. Na miejsce kaźni ofiary spędziła i zwiozła Ukraińska Policja Pomocnicza. Po zlikwidowaniu Żydów spalono ich zabudowania, czyli całą drewnianą zabudowę położoną przy rynku oraz synagogi. W 1943 rozstrzeliwano ludność w wąwozie za kościołem. W egzekucjach brali udział gestapowcy Juni i Henemilck. 18 lipca 1944 Niemcy wywieźli volksdeutschów, administrację, nadleśnictwo, pracowników kopalni ropy i wszystkich, którzy mogli im się przydać. 20–22 lipca 1944 bojówki UPA wymordowały w Lutowiskach polskie rodziny Górali, Góraszewskich, Kukurowskich, Raszowskich, Samborskich, Ziółkowskich, Federeszczaka.
W latach 1944–1951 Lutowiska należały do Związku Radzieckiego i zostały przemianowane na Szewczenkowo. W czasie przynależności Lutowisk do ZSRR (1944–1951) świątynia katolicka w Lutowiskach uległa całkowitej dewastacji. Nabożeństwa musiały odbywać się w cerkwi aż do 1963 roku, do gruntownego remontu zorganizowanego przez pierwszego powojennego proboszcza ks. Antoniego Zawiszę.