W lutym 1998 został mianowany na dwugwiazdkowy stopień generała majora. W latach 1998–2000 dowodził 22. Dywizją w Trikunamalai. W 2000 oraz w latach 2002-2003 był Dowódcą Sił Zbrojnych w Kwaterze w Dżafnie. Od 2003 do 2004 stał na czele Sił Ochotniczych Armii Sri Lanki. Od lipca do grudnia 2004 był zastępcą Szefa Sztabu Armii Sri Lanki. W grudniu 2005 został awansowany do trzygwiazdkowego stopnia generała. Od 6 grudnia 2005 do 15 lipca 2009 zajmował stanowisko Dowódcy Armii, w tym od 18 maja 2009 w randze Dowódcy Szefa Sił Zbrojnych. 15 lipca 2009 objął funkcję Szefa Sztabu Obrony.
Generał Fonseka dał się poznać jako sprawny przywódca wojskowy, uczestniczył w szeregu akcji militarnych w czasie walk z Tamilskimi Tygrysami. W 1991 uczestniczył w operacjach Balawegaya i Jayasikuru, które doprowadziły do zdobycia miejscowości Mankulam oraz ochrony bazy Elephant Pass. Jego 6. Batalion Lankijskiego Regimentu Sinha odparł wówczas atak tamilskich bojowników. W 1993 Fonseka został ranny w czasie operacji Yaldewee. W 1993, jako pułkownik, dowodził operacją uwolnienia lankijskich żołnierzy znajdujących się pod oblężeniem w Dżafnie. W grudniu 1995 przeprowadził operację Rivirea, która doprowadziła do odbicia Dżafny z rąk Tamilskich Tygrysów.