Retrotranspozon – typ transpozonu (transpozon RNA), stanowiący znaczną część genomów organizmów eukariotycznych. Wszystkie retrotranspozony występują w postaci cząsteczki RNA. Retrotranspozony zawierają geny kodujące enzymy niezbędne do przemieszczania się w procesie transpozycji - po wniknięciu do komórki gospodarza (lub po transkrypcji retrotranspozonu zintegrowanego z genomem gospodarza) następuje synteza pierwszej nici DNA przez enzym zwany odwrotną transkryptazą. W ten sposób powstaje pozachromosomowa, dwuniciowa cząsteczka zbudowana z jednej nici RNA i jednej nici DNA. Następnie matrycowa nić RNA jest wytrawiana (przez enzym RNA-zę), a na jej miejsce syntetyzowana jest druga (komplementarna do pierwszej) nić DNA. Taki dwuniciowy DNA zostaje za pomocą enzymu integrazy wstawiony do genomu gospodarza.
Istnieją dwa typy retrotranspozonów: zawierające na obu końcach długie powtórzone sekwencje nukleotydów - LTR (z ang. Long Terminal Repeats); nieposiadające sekwencji LTR - non-LTR. Przykładem retrotranspozonów zawierających sekwencje LTR należą: retrowirusy (u zwierząt), Ty1-copia oraz Ty3-gypsy. Do retrotranspozonów niezawierających sekwencji LTR zalicza się elementy LINE oraz SINE.