Mechanika molekularna – metoda chemii obliczeniowej wykorzystującą mechanikę klasyczną do modelowania układów molekularnych. Energia potencjalna każdego rozpatrywanego systemu jest wyznaczana za pomocą odpowiedniego pola siłowego. Mechanika molekularna może zostać użyta zarówno do badania prostych cząsteczek, jak i złożonych biomolekuł oraz układów nanotechnologicznych zbudowanych z milionów atomów.
Poniżej przedstawiono podstawowe cechy pełnoatomowych metod mechaniki molekularnej: Każdy atom jest symulowany jako pojedyncza cząstka Każda cząsteczka ma przypisany określony promień (zwykle jest nim promień van der Waalsa), polaryzowalność i ustalony ładunek przypisany na podstawie pomiarów doświadczalnych lub obliczeń teoretycznych chemii kwantowej Wiązania chemiczne traktowane są jako oscylatory harmoniczne
Istnieje wiele odstępstw od zaprezentowanego schematu. Wiele modeli zakłada wykorzystanie „atomów zjednoczonych”, w ramach których grupy metylowa oraz metylenowa są reprezentowane jako pojedyncze atomy;