Jedynym polem siłowym, które bezpośrednio wykorzystuje wszystkie oddziaływania jonowe do obliczania energii molekuły jest QVBMM.
Zastosowania Podstawowym zastosowaniem mechaniki molekularnej jest minimalizacja energii cząsteczki poprzez wykorzystanie odpowiedniego pola siłowego oraz algorytmu służącego do znajdowania lokalnych minimów minimum na hiperpowierzchni energii potencjalnej. Często wykorzystywanymi algorytmami metoda gradientu prostego oraz metoda najszybszego spadku. Globalne minimum może zostać odnalezione przy pomocy metod takich jak symulowane wyżarzanie oraz różne implementacje metody Monte Carlo wykorzystującej algorytm Metropolisa. Niezależnie od przyjętej metody zasadniczym celem optymalizacji jest znalezienie zestawu konformacji cząsteczki o najniższej energii. Pole siłowe reprezentuje tutaj jedynie człon entalpowy energii swobodnej Gibbsa. Niestety do przeprowadzenia prawidłowej analizy konformacyjnej danego układu molekularnego wymagane jest także uwzględnienie entropii konformacyjnej, co jest rzadko stosowane w tego rodzaju obliczeniach.