Pod koniec 1989 „Bandera” stała się dwutygodnikiem, a od początku 1990 – miesięcznikiem. Najtrudniejszy okres rozpoczął się wówczas w kwietniu. Redakcja „Bandery” wprowadziła drakońskie rygory oszczędnościowe, kontynuując wydawanie kolejnych numerów. Zachowano w ten sposób ciągłość edycji.

Nowy etap w rozwoju czasopisma rozpoczął się pod koniec 1991, kiedy do redakcji (jako pierwszej pośród pozostałych tytułów prasy wojskowej) trafiły komputery. W lutym 1992 ukazał się pierwszy numer złożony elektronicznie. Zmniejszono format z B4 do A4. Pierwsza barwna okładka ukazała się w czerwcu 1993. Na stałe kolorową okładkę pisma wprowadzono od września 1996, natomiast pełny kolor od maja 1999.

Obecnie „Bandera” nadal się przekształca, zmieniają się jej szata graficzna i zawartość. Pismo – jak dawniej – pragnie być możliwie najbliżej marynarskiej i morskiej materii życia. Można w nim znaleźć publikacje, które zainteresują każdego, komu bliskie są sprawy morskiej Polski. „Bandera” kolportowana jest głównie w jednostkach i instytucjach Marynarki Wojennej, ale dociera także m.in.