W 1948 za działalność w AK został aresztowany przez UB i przewieziony do Warszawy. Osadzony w areszcie śledczym Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego, a następnie w X pawilonie śledczym na Mokotowie; w 1949 skazany został na 15 lat więzienia. W więzieniu we Wronkach spędził 6 lat. Wyszedł na wolność po amnestii w 1955.
W 1958 otrzymał probostwo kościoła Mariackiego w Gdańsku. Poświęcił się odbudowie świątyni ze zniszczeń wojennych. Zmarł 26 listopada 1978 w czasie odprawiania mszy. Pochowany został w bazylice Mariackiej. W 2017 trumna ze szczątkami została przeniesiona do nowo utworzonej krypty Kapłanów Gdańskich w bazylice Mariackiej.
Jego nazwiskiem nazwano ulicę w dzielnicy Gdańsk WrzeszczStryjewska M., Duchowni patroni trójmiejskich ulic – Ulica ks. Józefa Zator-Przytockiego. Drzewko Oliwne, nr 1, 2006. Miesięcznik parafialny, Parafia Matki Bożej Królowej Korony Polskiej w Gdańsku-Oliwie.
Ks. Zator-Przytocki jest autorem opublikowanych wspomnień: Józef Zator-Przytocki: Pamiętniki z lat 1939–1956.