Decyzją niemieckich władz okupacyjnych kościół miał zostać rozebrany. Burzenie rozpoczęto od zniszczenia stojącego nieopodal posągu Serca Jezusowego. Informacja o wydarzeniu została natychmiast przekazana na zachód i jeszcze tego samego dnia przekazana w serwisie polskim Radia Londyn. Wielu ostrowian posiadało wówczas nielegalne radioodbiorniki. Po tamtej relacji pod kościołem zabrało się kilkuset mieszkańców, a miejscowy ruch oporu zagroził wysadzeniem sąsiedniego browaru w wypadku kontynuowania rozbiórki (P. Anders Kalisz, Ostrów Wielkopolski...). Niemcy odstąpili od swoich zamiarów (kościół zamieniono jednak na magazyn), a decyzja ta została przypieczętowana, między innymi dzięki skrytym zabiegom architektów (Polaka i Niemca), wpisaniem w 1943 r. na niemiecką listę wybitnych dzieł architektury nowoczesnej (M. Olejniczak Bedeker...).
Według innej koncepcji budowany kościół miał zostać przez władze okupacyjne na nowy ratusz. U prof. Gerharda Graubnera zamówiono nawet dokumentację techniczną, jednak trwający spór między Walterem Hirshem (burmistrzem i właścicielem browaru, który optował za magazynem w tym miejscu) a okupacyjnymi władzami nie dopuścił do realizacji planów.