21 lutego 1998 papież Jan Paweł II mianował go kardynałem in pectore. 28 stycznia 2001 Jan Paweł II ogłosił jego nazwisko, a na konsystorzu 21 lutego 2001 kreował go kardynałem prezbiterem Kościoła św. Sykstusa w Rzymie. 3 maja 2001 odbył kardynalski ingres do katedry lwowskiej. W kwietniu 2005 brał udział w konklawe, na którym wybrano na papieża Benedykta XVI. 21 sierpnia 2006 w związku z ukończeniem 80 lat utracił prawo do udziału w konklawe. Konsekrował 10 biskupów, a w roli współkonsekratora uczestniczył w święceniach 11 biskupów.
W 1967, jadąc do Olsztyna w zastępstwie kardynała Karola Wojtyły, uległ wypadkowi kolejowemu pod Działdowem, w wyniku którego amputowano mu część lewej ręki. W 2005 towarzyszył umierającemu papieżowi Janowi Pawłowi II i udzielił mu wiatyku.
Zmarł 5 września 2020 w Krakowie. 11 września 2020 po mszy pogrzebowej w Bazylice Matki Bożej Anielskiej w Kalwarii Zebrzydowskiej został pochowany w krypcie kaplicy cudownego obrazu Matki Bożej Kalwaryjskiej. W dniu pogrzebu zarządzono żałobę na terenie gminy Lubaczów, jak i w powiecie lubaczowskim.