Duchowieństwo wyświęcone i uformowane za czasów zwierzchnictwa Fatôme również było przeciwne pewnym reformom Kowalskiego. Co prawda, Kościół był jednomyślny w kwestii adoracji Najświętszego Sakramentu i kultu Mateczki, jednakże inne zwyczaje nie spotkały się z akceptacją ze strony mariawitów we Francji. W 1951 r., po śmierci biskupa Fatôme, Kościół zerwał łączność z centralą w Felicjanowie.
Współpraca z Kościołem Gallikańskim Następca biskupa Fatôme, biskup Piotr Maria Gaston Perrier odrzucił ideę mariawityzmu na rzecz wówczas rosnącego w siłę Kościoła Gallikańskiego i w tym nurcie Kościół działał do roku 1953, obrawszy pozostawioną przez poprzednika kaplicę w Nantes na siedzibę swojego Apostolskiego Kościoła Katolickiego. Wierni i duchowni wierni tradycji mariawickiej we Francji w tamtym czasie pozostawali pod opieką duszpasterską mariawitów z Niemiec.