Rezygnacja została przyjęta przez papieża Franciszka 22 stycznia 2025, jednocześnie mianując administratorem apostolskim sede vacante archidiecezji wiedeńskiej ks. Josefa Grünwidla oraz w związku z ukończeniem 80 lat utracił prawo do udziału w konklawe.
Od 1995 do 11 lipca 2026 kardynał Schönborn pełnił także funkcję ordynariusza dla wiernych obrządku bizantyjskiego zamieszkałych w Austrii. W latach 1998–2020 był przewodniczącym Konferencji Episkopatu Austrii.
Brał udział w sesjach Światowego Synodu Biskupów w Watykanie, w 2003 udzielił sakry biskupiej szwajcarskiemu kardynałowi nominatowi Cottierowi. Był wymieniany wśród papabile, faworytów do następstwa po zmarłym w kwietniu 2005 papieżu Janie Pawle II. Uczestniczył w konklawe w latach 2005 i 2013. Wraz z pojawieniem się w sierpniu 2021 spekulacji na temat rychłej abdykacji papieża Franciszka powtórnie wymieniano go wśród papabile.
W marcu 2008 stwierdził, że po ukazaniu się w 1968 encykliki "Humanae vitae" biskupi austriaccy i niemieccy nie mieli odwagi bronić jej z obawy przed niezrozumieniem przez naszych wiernych, w odróżnieniu od Kościoła w Krakowie, który pod przewodnictwem kard. Karola Wojtyły stanął w obronie życia.