thumb|250px|Budynek przy ul. Foksal 3, siedziby SDP, SDRP i CMWP Władzami naczelnymi Stowarzyszenia Dziennikarzy RP są: Zjazd Delegatów; Zarząd Główny; Główna Komisja Rewizyjna; Naczelny Sąd Dziennikarski. Identyczna struktura władz występuje na szczeblu oddziałów terenowych Stowarzyszenia (Zjazd Delegatów jest zastąpiony Walnym Zebraniem Członków).
Siedziba Zarządu Głównego (oraz Oddziału Warszawskiego) Stowarzyszenia mieści się przy ul. Foksal 3/5 (w tym samym budynku mieści się też SDP), a przewodniczącym Zarządu Głównego jest Jerzy Domański; przewodniczącym zarządu Oddziału Warszawskiego jest Tomasz Miłkowski. Zarówno Stowarzyszenie jako całość, jak i osobno jego Oddział Warszawski, mają status organizacji pożytku publicznego (odpowiednio: od października 2004 i od lutego 2005 r.).
Władze Stowarzyszenia Na X Zjeździe Delegatów wybrano następujące władze Stowarzyszenia Dziennikarzy Rzeczypospolitej Polskiej