Jako lider „partii wojny” w ścisłym kręgu doradców Jelcyna, był i jest uważany za głównego sprawcę wybuchu I wojny czeczeńskiej.

Z osobą Graczowa – w okresie, gdy pełnił funkcję ministra obrony – związanych było kilka głośnych afer. W pierwszej połowie lat 90. był oskarżany w prasie o prywatyzację ze szkodą dla ministerstwa obrony willi będących własnością resortu, nielegalną sprzedaż broni do Jugosławii oraz ogólnie o korupcję. Autor tych artykułów zamieszczanych w „Moskowskij Komsomolec” Dmitrij Chołodow został zamordowany w październiku 1994. Śledztwo doprowadziło w stan oskarżenia grupę byłych oficerów wojsk powietrznodesantowych z płk. Popowskim na czele. Podejrzanym o współudział był także sam Graczow, jednak ostatecznie Sąd Wojskowy Okręgu Moskiewskiego wszystkich uniewinniłГрачев, Павел, ООО Лента.Ру [dostęp 2012-09-30]..