Na kilka dni przed wyborami pojawiło się kilka kontrowersji związanych z procesem wyborczym. Krajowe Towarzystwo na rzecz Praw Człowieka (National Society for Human Rights) zarzuciło komisji wyborczej manipulację listami wyborców. Według stowarzyszenia, na listach dublowano nazwiska wyborców oraz umieszczano nazwiska niepełnoletnich obywateli. Praktyki te miały dotyczyć ok. 180 tys. osób. Komisja wyborcza odrzuciła oskarżenia oraz zakazała obserwatorom tej organizacji monitorowania przebiegu wyborów, zarzucając im stronniczość. Towarzystwo zaskarżyło decyzję komisji do sądu, który rano w dniu wyborów zezwolił jego obserwatorom na udział w procesie wyborczym. Z kolei 25 listopada 2009, lider RDP, Hidipo Hamutenya, został pozwany na 100 mln USD przez SWAPO za rozpowszechnianie w czasie kampanii wyborczej informacji o rzekomych fałszerstwach w czasie wyborów generalnych z 2004.
Wyniki wyborów Według oficjalnych wyników, ogłoszonych 4 grudnia 2009, wybory prezydenckie zdecydowanie wygrał prezydent Hifikepunye Pohamba, który zdobył ponad 75% głosów poparcia, dystansując drugiego Hidipo Hamutenyę (niecałe 11% głosów). Rządząca partia SWAPO zdobyła 3/4 miejsc w parlamencie (54 z 72).