W 2012 roku zła passa Johnsona w Daytonie trwała nadal, jako że udało mu się przejechać jedynie trzy okrążenia zanim w wyniku wypadku musiał zakończyć swój wyścig. Reszta sezonu przyniosła jednak znaczną poprawę formy i pięć zwycięstw, w tym dwa z rzędu na dwie rundy przed zakończeniem sezonu. Niestety, będący wówczas liderem Johnson, dwa ostatnie wyścigi zakończył odpowiednio na 32. i 36. miejscu przez awarie samochodu, przez co spadł na trzecie miejsce i ponownie stracił szansę na szósty tytuł.
Szczęście Johnsona wróciło w 2013 roku, kiedy to drugi raz w karierze udało mu się zwyciężyć w Daytona 500. Objął wtedy pozycję lidera klasyfikacji i poza krótkimi momentami, w których nie spadał niżej niż na trzecie miejsce, przez większość sezonu utrzymywał ją, dzięki czemu z końcem roku ponownie triumfował jako mistrz NASCAR. W sezonie tym wygrał sześć wyścigów.
Sezon 2014 był dla Johnsona najgorszym pełnym sezonem w karierze. Choć odniósł cztery zwycięstwa, za sprawą nowego systemu play-offów, w których spośród 16 kierowców co trzy wyścigi eliminowana jest najgorsza czwórka, już w drugiej rundzie stracił szansę na mistrzostwo po wypadku w Kansas i słabych finiszach w Charlotte i Talladedze. Choć po wyeliminowaniu zdołał wygrać wyścig w Teksasie, sezon ten zakończył na 11. miejscu.