Latem 1946 roku odbyło się posiedzenie Najwyższej Rady Wojskowej w celu zbadania sprawy marszałka Żukowa, oparte na materiałach z przesłuchania marszałka lotnictwa Aleksandra Nowikowa, który został wcześniej aresztowany w czasie „afery lotników”. Żukow został oskarżony o przywłaszczenie zdobyczy wojennych i wyolbrzymienie swoich osiągnięć w pokonaniu Hitlera. Stalin osobiście oświadczył, że przywłaszczył sobie rozwój operacji, z którymi nie miał żadnego związku. Na posiedzeniu praktycznie wszyscy wyżsi rangą dowódcy wojskowi, z wyjątkiem Filippa Golikowa, szefa Głównego Zarządu Kadr, wyrazili poparcie dla Żukowa. Członkowie Biura Politycznego oskarżyli jednak Żukowa o „bonapartyzm” za „usunięcie wydziałów politycznych z wojsk lądowych”.
W czerwcu 1946 roku wszczęto śledztwo w „sprawie zdobyczy wojennych”. Wstępne śledztwo dostarczyło dowodów na to, że Żukow eksportował z Niemiec meble, dzieła sztuki i inne zdobycze wojenne „w znacznych ilościach” na własny użytek. W aktach sprawy znalazła się samokrytyka Żukowa skierowana do sekretarza KC WKP(b), Andrieja Żdanowa.
9 czerwca 1946 roku Żukow został odwołany ze stanowiska naczelnego dowódcy wojsk lądowych i mianowany dowódcą Odeskiego Okręgu Wojskowego. Na plenum Komitetu Centralnego WKP(b) w lutym 1947 roku marszałek Żukow został skreślony z listy kandydatów na członków Komitetu Centralnego WKP(b).