Od tego momentu wspólnota monastyczna zamieszkiwała w jednym ze skrzydeł kompleksu męskiego monasteru Świętego Ducha w Wilnie; powrót do dawnego miejsca nastąpił w 2015Открытие Мариинской обители [dostęp: 24.05.2015.].
Historia W Imperium Rosyjskim Powstanie klasztoru mały|Kościół Serca Jezusowego w Wilnie odebrany wizytkom przez władze carskie z przeznaczeniem na monaster św. Marii Magdaleny mały|Widok kościoła Serca Jezusowego zaadaptowanego na monasterską cerkiew św. Marii Magdaleny Powstanie żeńskiego monasteru w Wilnie było związane z akcją rusyfikacji ziem litewskich poprzez szerzenie państwowej religii Rosji – prawosławia. W momencie założenia była to trzecia wspólnota monastyczna tego wyznania w Wilnie, obok męskich klasztorów Świętego Ducha i Trójcy Świętej. Akt założycielski monasteru św. Marii Magdaleny pochodzi z 9 listopada 1864. Polecenie w tej sprawie osobiście podpisał car Aleksander II. Mniszki prawosławne na jego mocy przejęły wileński klasztor wizytek, który został w tym samym momencie skasowany. Według kroniki dziejów monasteru spisanej w 1965 przez mniszkę Barbarę (Trofimową), wizytkom pozwolono na wyjazd za granicę razem z większą częścią majątku ruchomego. Powstanie klasztoru pobłogosławił prawosławny metropolita wileński i litewski Józef.