sakry biskupiej udzielił mu 8 grudnia 1978 nuncjusz w Hondurasie arcybiskup Gabriel Montalvo Higuera. Pełnił funkcję administratora apostolskiego diecezji Santa Rosa de Copán w latach 1981–1984,. Brał udział w sesjach Światowego Synodu Biskupów w Watykanie, m.in. sesji specjalnej poświęconej Kościołowi w Ameryce (listopad-grudzień 1997) oraz w IV konferencji generalnej Episkopatów Latynoamerykańskich w Santo Domingo (Dominikana, październik 1992). 8 stycznia 1993 został promowany na arcybiskupa Tegucigalpa, do 1995 pełnił także funkcję administratora apostolskiego diecezji San Pedro Sula. W 2017 w związku z ukończeniem 75 lat, złożył rezygnację z pełnionej funkcji, jednak papież zlecił mu dalsze sprawowanie urzędu.
W latach 1987–1991 był sekretarzem generalnym Rady Episkopatów Latynoamerykańskich CELAM, a 1995–1999 jej przewodniczącym; 1997–2003 stał na czele Konferencji Episkopatu Hondurasu. 21 lutego 2001 Jan Paweł II mianował go kardynałem, nadając tytuł prezbitera S. Maria della Speranza.