Po klęsce ofensywy tureckiej zagrażającej Kanałowi Sueskiemuofensywa turecka osiągnęła Suez, ale została odparta przez Brytyjczyków. poniósł szereg klęsk w obronie, tracąc wreszcie w grudniu 1917 roku Jerozolimę.
Od 1916 roku zmagał się z inspirowanym przez Brytyjczyków powstaniem arabskim (Lawrence z Arabii). Po zajęciu francuskich konsulatów w Bejrucie i Damaszku i odkryciu tajnych akt dokumentujących powiązania powstańców arabskich z Brytyjczykami i Francuzami, a także listy nazwisk członków arabskiej konspiracji, rozpoczął masowe represje wobec arabskich elit stanowiących przywództwo ruchu, w tym członków organizacji arabskiej Al-Fatat. Do końca 1917 roku sprawował ze swej kwatery w Damaszku praktycznie niepodzielną władzę nad południową częścią Imperium Osmańskiego. W końcu 1917 roku powrócił do Stambułu, by ograniczyć się do wykonywania cały czas zajmowanej funkcji ministra marynarki wojennej imperium.
Po klęsce, dymisji rządu Taalata Paszy 8 października 1918 roku i podpisaniu 30 października zawieszenia broni z Mudros, 2 listopada 1918 roku Cemal, wraz z siedmioma przywódcami partii młodotureckiej, wyjechał do Niemiec, a następnie udał się do Szwajcarii.