W 1946 r. administracja polska zastała w krypcie, w różnym stanie zachowania, 14 sarkofagów i cztery leżące na nich drewniane trumny. Rozsypane kości zebrano i spalono, a popioły zakopano na dziedzińcu zamkowym. Trumny i sarkofagi będące w lepszym stanie zachowano i pod koniec 1946 r. chroniąc przed wilgocią przeniesiono na I piętro skrzydła północnego zamku. Na potrzeby tworzonego muzeum z jednej nienaruszonej trumny wydobyto wyposażenie. Między rokiem 1946 a 1948, w do dziś niewyjaśnionych okolicznościach, zaginął jeden z sarkofagów (wraz z nieokreśloną zawartością)Możliwe, że „kradzież” wzięła się z policzenia dwóch części jednego pochówku jako dwóch odrębnych.. W 1948 r. dziesięć sarkofagów wysłano na Wawel, aby je tam poddać ocenie i konserwacji. Według oceny 7 z nich nie miało żadnych indywidualnych i zabytkowych cech. Zerwaną blachę przetopiono uzyskując 938 kg deficytowej cyny, niezbędnej wówczas do naprawy zniszczonych podczas wojny dachów i rynien. Szkielety i pozostałe sarkofagi powróciły do Szczecina i były w latach 1949–1954 pokazywane w muzeum. Później kości zebrane w kartonowe pudła trafiły na półki magazynu. Część z nich, gorzej zachowanych w latach 70. zakopano na dziedzińcu zamkowym. Przedmioty i stroje wydobyte z trumien wciąż są w ekspozycji.