Według Fullera probiotyk powinien spełniać następujące warunki: pochodzenie od człowieka; odporność na niskie pH żołądka oraz enzymów i kwasów żółciowych w dwunastnicy; zdolność do przeżycia i aktywności metabolicznej w środowisku jelita grubego; zdolność adherencji do komórek nabłonka jelitowego i trwałej lub przejściowej kolonizacji przewodu pokarmowego; korzystne działanie na organizm gospodarza; trwałość i żywotność w czasie przechowywania oraz w środowisku dla niego niekorzystnym (np. w przewodzie pokarmowym: niskie pH, enzymy trawienne, czynniki hamujące wzrost lub zdolności adhezyjne).
W 2001 r. Schrezenmeir i De Vrese zaproponowali, by probiotykiem nazwać „produkt zawierający wystarczającą ilość mikroorganizmów, które zmieniają mikroflorę (przez implantację lub kolonizację) w określonych segmentach organizmu gospodarza i w ten sposób wywierają korzystny wpływ na jego zdrowie”Wpływ probiotyków na układ immunologiczny Zakażenia 1/2008Kędzia A, 2008, Działanie probiotyków na organizm człowieka. Cz I. Rola flory fizjologicznej przewodu pokarmowego, Postępy Fitoterapii 4/2008, 247-251