W tym czasie „Le Fantasque” nosił numer burtowy X 101.
Po wybuchu wojny niszczyciele 2. Eskadry Lekkiej wraz z innymi okrętami marynarki francuskiej brały udział w poszukiwaniach niemieckich rajderów na Oceanie Atlantyckim, w tym pancernika kieszonkowego „Admiral Graf Spee”. Zespół okrętów składający się z ciężkiego krążownika „Dupleix” oraz niszczycieli „Le Fantasque” i „Le Terrible” przechwycił podczas tej operacji dwa zmierzające do portów niemieckich statki handlowe: 16 października 1939 roku "Halle", który po zatrzymaniu został zatopiony przez własną załogę oraz 25 października „Santa Fe”, zdobyty i poprowadzony jako pryz, w eskorcie „Le Fantasque”, do portu w Dakarzeuboat.net [dostęp 27 listopada 2009].
Po ataku Niemiec na Francję w maju 1940 roku „Le Fantasque” operował na Morzu Śródziemnym. Tam też zastała go klęsce Francji. Niszczyciel wszedł w skład floty podległej rządowi w Vichy, stacjonując początkowo w Tulonie, a od września 1940 roku w Dakarze. Tam przetrwał bez szkód ostrzał portu przez Brytyjczyków 23 września 1940 roku, w którym zniszczony został bliźniaczy „L'Audacieux”.