12 grudnia 1836 roku pożar zniszczył niemal całe wnętrze teatru. Ocalały jedynie mury zewnętrzne, foyer i tzw. sala apollińska. Podczas odbudowy przedstawienia odbywały się w Teatro Goldoni. 26 grudnia 1837 w La Fenice zainaugurowano po trwającym rok remoncie kolejny sezon operowy.
Po raz kolejny ogień zniszczył operę 29 stycznia 1996 roku. Winnymi podpalenia okazali się dwaj elektrycy Enrico Carella i jego kuzyn Massimiliano Marchetti. Opera została ponownie otwarta 14 grudnia 2003 roku. Koncert inauguracyjny poprowadził Riccardo Muti, zabrzmiały wtedy dzieła Beethovena, Strawinskiego, Caldary i Wagnera.
Bardzo szybko od momentu swego powstania teatr będąc największym teatrem operowym w mieście, które obok Florencji czy Mantui było kolebką opery, stał się nie tylko najlepszym teatrem w Wenecji czy czołowym we Włoszech, ale również jedną z najlepszych scen operowych na świecie. Wielu kompozytorów pisało swoje dzieła właśnie z myślą o La Fenice.