Kardynał Philippe Barbarin został oskarżony o niezgłoszenie wymiarowi sprawiedliwości przypadków nadużyć seksualnych popełnionych przez ks. Bernarda Preynata z archidiecezji liońskiej w latach 1986–1991 wobec nieletnich skautów, o czym Kościół katolicki wiedział od 1991 roku. Oskarżycielami jest 10 ofiar ks. Preynata, który od pełnienia posługi został odsunięty w sierpniu 2015 roku. Ks. Jérome Billioud, który przyznał się do popełniania czynów pedofilskich pełnił posługę jeszcze w marcu 2016. Dwa dochodzenia prowadzone przez prokuraturę w latach 2016–2017, które zakończyły się umorzeniem nie zakończyły sprawy. Kilkukrotnie przekładana rozprawa w sądzie poprawczym odbyła się w dniach 7 do 9 stycznia 2019 roku. W trakcie procesu kardynał Barbarin nie przyznał się do stawianych mu zarzutów tuszowania spraw pedofilii.
Wyrok w tej sprawie zapadł 7 marca 2019 roku. Kardynał został uznany winnym i skazany na 6 miesięcy więzienia w zawieszeniu. 18 marca 2019, podczas wizyty w Watykanie złożył rezygnację z obowiązków arcybiskupa metropolity lyońskiego, której papież Franciszek nie przyjął, oczekując wyniku procesu apelacyjnego, w międzyczasie zalecając mu „podjęcie decyzji, która wydawała się najlepsza dla diecezji lyońskiej”.