Jesienią 1946 prace nad wydaniem książki w ZSRR wstrzymano – Żdanow, główny ideolog partii rozpętał histeryczną kampanię przeciwko wszystkim szowinistycznym tendencjom w sztuce i literaturze, które według niego podkopywały dogmaty patriotyzmu radzieckiego. JAK podporządkowano KC i rozwiały się wszelkie nadzieje na druk Księgi. Głównym zarzutem władz było „zafałszowanie obrazu niemieckiego faszyzmu”: „Przez całą książkę przewija się idea, że Niemcy grabili i mordowali wyłącznie Żydów. Czytelnik podświadomie odnosi wrażenie, że Niemcy prowadzili wojnę z ZSRR tylko po to, aby zniszczyć Żydów. Powstaje obraz, jakoby Niemcy lepiej traktowali Rosjan, Ukraińców, Białorusinów, Litwinów, Łotyszy i inne narodowości”.
Pomimo tych zastrzeżeń w czerwcu 1947 rozpoczęto druk 50 tys. egzemplarzy. Pod koniec sierpnia, kiedy wydrukowano już trzy czwarte nakładu, centralny urząd cenzury wstrzymał druk. Pomimo próśb działaczy JAK o wznowienie druku, Wydział Propagandy KC zakomunikował, że książka zawiera bardzo poważne błędy polityczne i w żadnym razie nie może ujrzeć światła dziennego. Ostatecznie Stalin sam zakazał wydania Czarnej księgi, z uzasadnieniem, że Żydzi nie byli jedynymi, którzy cierpieli pod okupacją niemiecką i byłoby błędem, gdyby jakoś szczególnie podkreślać tylko ich los.