Pomimo kilkakrotnych remontów i przebudówek kościół nie stracił swojego pierwotnego gotyckiego stylu. Nie ucierpiał też w czasie ostatnich działań wojennych.

Akta wizytacyjne wspominają o istnieniu w pobliżu jeszcze dwóch świątyń. Dokument z lat 1608–1609 wymienia prepozyturę szpitalną Ducha Świętego z kościołem pod tym samym wezwaniem, położone za bramą miejską, oraz kaplicę (oratorium) pw. Świętego Krzyża. W 150 lat później wizytator odnotował, iż po kaplicy nie ma już śladu, a kościołowi Ducha Świętego stojącemu już na przedmieściu Konina przypisał czas powstania na 1433 r. Wizytator z 1775 r. potwierdził dalsze istnienie tej świątyni i dodał, że na miejscu kaplicy Świętego Krzyża znajduje się figura Ukrzyżowanego. Akta wizytacyjne z 1778 r. informują, że kościół Ducha Świętego znajduje się w pobliżu klasztoru reformackiego. Wizytacja z lat 1790–1791 stwierdza, że prepozytura powstała przed 1491 r., a kaplica Świętego Krzyża została zniszczona przez pożar.