W świątyni zniszczono wnętrze, wyburzono część pomieszczeń klasztornych oraz przylegającą od strony zachodniej kaplicę Matki Bożej, zmieniając dotychczasową bryłę klasztoru. Kaplicę tę odbudowano w 1999 r.
Po wyzwoleniu miasta w 1945 roku w zabudowaniach klasztornych rozpoczęły działalność dwie szkoły podstawowe oraz magazyny przedsiębiorstwa „Prasa–Książka–Ruch”. Powracający do Konina franciszkanie jako rekompensatę otrzymali położony w bliskim sąsiedztwie kościół protestancki i dawne mieszkanie pastora. Po przeniesieniu szkół do innych obiektów franciszkanie powrócili do zdewastowanego kościoła i części zabudowań klasztornych. Prace nad rekonstrukcją wnętrza kościoła trwały do 1956 roku, a nad odbudową zniszczonych ołtarzy do 1967 roku. Odtworzono je na podstawie zachowanych zdjęć. W maju 1967 roku, zrekonstruowany staraniem zakonników i wiernych, ołtarz główny poświęcił biskup Antoni Pawłowski. Dwa lata później, w 1969 r. w kościele erygowano nową parafię pw. św. Marii Magdaleny, dokonując jednocześnie rozgraniczenia pomiędzy nią a najbliższą parafią