W latach 1970–1973 pracował jako geolog-prospektor w Sérvice des Mines et de la Géologie w Niamey, w Nigrze. Zajmował się tam poszukiwaniem mineralizacji miedziowo-molibdenowej w masywach granitowych, mineralizacji miedziowej w prekambryjskich skałach metamorficznych i rozsypiskowych złóż złota. Po powrocie do kraju badał geochemię i geochronologię masywów magmowych. Zajmował się głównie wiekiem bezwzględnym formacji krystalicznych Sudetów i mineralizacją uranową w Sudetach. W 1978 ponownie wyjechał do pracy w Afryce, tym razem do Maroka, gdzie do 1982 był zatrudniony w charakterze eksperta w Ministerstwie Energii i Górnictwa. Poszukiwał tam złóż rud cynku i ołowiu we wschodniej części kraju, w rejonie Udżdy (Wadżdy, fr. Oujda).
Wspólnie z Józefem Lisem opracował i wydał w 1986 Minerały Dolnego Śląska, za które w 1990 otrzymał Nagrodę Zespołową I Stopnia Ministra Edukacji Narodowej. W 2002 wydał wraz z Włodzimierzem Mizerskim podręcznik akademicki Słownik geologiczny.
Hubert Sylwestrzak był członkiem wielu towarzystw naukowych, m.in. Polskiego Towarzystwa Mineralogicznego, Polskiego Towarzystwa Geologicznego oraz Polskiego Towarzystwa Gemmologicznego.