Osłabioną czujność kapitana wykorzystują jego przymusowi goście, uciekając z pokładu statku niewielką szalupą.

Tajemnicza wyspa 160px|thumb|right|Śmierć kapitana Nemo. W Tajemniczej wyspie okazuje się, że Nautilus przetrwał spotkanie z wirem wodnym, zaś Nemo wyzdrowiał i dalej podróżował po morzach i oceanach. Podczas jednej z wycieczek osiedlił się na tytułowej wyspie, która stała się jego bazą. Możliwe, że znał tę wyspę już wcześniej. Na wyspie zmarli kolejno członkowie jego załogi i wreszcie Nemo został sam. Kapitan stał się tajemniczym opiekunem grupki Amerykanów, którzy pod przywództwem Cyrusa Smitha wiosną 1865 r. uciekli balonem ze Stanów Zjednoczonych z niewoli wojsk Konfederacji i na skutek katastrofy wylądowali na bezludnej wyspie na Pacyfiku. Przez trzy lata Nemo dostarczał im lekarstwa, narzędzia i broń, ostrzegał przed niebezpieczeństwami, a nawet unicestwił statek piracki, który wpłynął do zatoki wyspy i zagroził uciekinierom – Nemo nie miał litości dla rzezimieszków. Ujawnia się kolonistom tuż przed własną śmiercią – ma wówczas 66 lat. Nie chciał umierać na tej wyspie, ale nie miał wyjścia, gdyż Nautilus wpłynął do podwodnej groty, której wejście zostało zablokowane w wyniku działalności wulkanu.