Okres ten był już czasem wielkich zwycięstw Armii Czerwonej nad Niemcami i zauważalnego wzrostu produkcji zbrojeniowej ZSRR ponad poziom produkcji III Rzeszy. Dla ścisłego kierownictwa ZSRR zaczynało być jasne, że wojnę będzie można wygrać bez pomocy z zagranicy, wobec czego JAK przestał być potrzebny, a nawet, ze względu na swoje oświadczenia skierowane przeciwko antysemityzmowi w ZSRR, zaczynał się stawać niewygodny. Z ostateczną rozprawą poczekano jednak do końca wojny; w sierpniu 1946 JAK został podporządkowany KC partii, w listopadzie tego samego roku główny ideolog partii Michaił Susłow skierował do przedstawicieli ścisłego kierownictwa partii memoriał w którym ocenił działanie JAK jako „syjonistyczne i nacjonalistyczne”, a w styczniu 1947 wraz z Aleksandrowem zaproponował zamknięcie JAK. W marcu 1948, coraz bardziej ograniczany Komitet dobił minister bezpieczeństwa Wiktor Abakumow, który w specjalnym raporcie do kierownictwa ZSRR określał przywódców JAK jako „nacjonalistów wzorujących się na Amerykanach”.