Hierarchia ważności wymienionych zadań ulegała zmianie w zależności od sytuacji w jakiej znajdował się system bankowy. W latach 1995–1996 najistotniejsze było sprawne wypełnianie zobowiązań w stosunku do klientów banków znajdujących się w stanie upadłości. W kolejnych latach na pierwszy plan – przy zachowaniu gotowości Funduszu do realizacji gwarancji – wysunęła się działalność pomocowa nakierowana na likwidowanie przyczyn, które mogłyby doprowadzić do upadłości banku.
Finansowanie funduszu Podstawowymi źródłami finansowania BFG są: obowiązkowe składki kwartalne wnoszone przez banki objęte systemem gwarantowania, kwoty przekazane z Funduszu Ochrony Środków Gwarantowanych pochodzące od podmiotów objętych systemem gwarantowania, tworzonego w razie konieczności wypłat środków gwarantowanych, dochody z pożyczek udzielonych przez fundusz, środki uzyskane w ramach pomocy zagranicznej, środki z dotacji udzielonych z budżetu państwa, środki z kredytu udzielonego przez Narodowy Bank Polski.