W latach 1993–1998 zajmował stanowisko wicedyrektora Departamentu Ochrony Środowiska OMPADEC (Oil Mineral Producing Areas Development Commission, Komisja Rozwoju Obszarów Wydobywających Ropę Naftową).
Dr Jonathan jest członkiem wielu branżowych organizacji, m.in. Nigeryjskiego Towarzystwa Rybołówstwa (FISON), International Association of Impact Assessment (IAIA), Instytutu Administracji Publicznej Nigerii (PAN), a także honorowym członkiem Nigeryjskiego Towarzystwa Środowiska.
Goodluck Jonathan jest żonaty z Patience Faką, ma dwoje dzieci.
Kariera polityczna W latach 90. XX w. wstąpił do Ludowej Partii Demokratycznej (PDP). W wyborach lokalnych na stanowisko gubernatora stanu Bayelsa w 1999 wystartował wspólnie z Diepreye Alamieyeseighą jako kandydat na urząd jego zastępcy. Po wygranej, w latach 1999-2005 zajmował stanowisko wicegubernatora stanu Bayelsa. W wyborach w 2003 gubernator Alamieyeseigha uzyskał reelekcję, jednak w 2005 został usunięty z urzędu po zarzutem korupcji. 9 grudnia 2005 Jonathan zastąpił go na stanowisku gubernatora stanu.