W sprawę zaangażował się sąd najwyższy, który 13 stycznia 2010 orzekł, że wiceprezydent Jonathan na czas nieobecności prezydenta może wykonywać wszelkie jego obowiązki, pomimo braku formalnego aktu przekazania mu władzy. Orzeczenie to nie zadowoliło części klasy politycznej i społeczeństwa, którzy domagali się transferu władzy zgodnie z konstytucją, na drodze pisemnego oświadczenia prezydenta.
9 lutego 2010 obie izby Zgromadzenia Narodowego, Senat i Izba Reprezentantów, przegłosowały wniosek o transferze władzy prezydenta na ręce wiceprezydenta. Parlament powierzył wiceprezydentowi pełnienie władzy wykonawczej do czasu powrotu prezydenta Yar'Aduyi do pełni zdrowia. Tego samego dnia Jonathan oficjalnie objął stanowisko p.o. prezydenta. Gabinet zaakceptował decyzję parlamentu i uznał władzę Jonathana. Część prawników podkreślała jednak, że decyzja parlamentu nie miała charakteru wiążącego, a transfer władzy odbył się z pominięciem określonej w konstytucji pisemnej deklaracji szefa państwa. Wiceprezydent Jonathan stwierdził, że warunki w jakich obejmuje swoje stanowisko, które określił mianem „świętego zaufania”. są „niezwykłe, poważne i refleksyjne”. Zaapelował o „żarliwą modlitwę” w intencji chorego prezydenta i podziękował wojsku za lojalność i oddanie wykonywanym obowiązkom.