Podsystem kierowania, nawigacji i kontroli waży 23,4 kg.
Instrumenty THEMIS mały|150px|Thermal Emission Imaging System, THEMIS Thermal Emission Imaging System (THEMIS – System Obrazujący [oparty na] Emisji Termicznej) – składa się ze spektrometru obrazującego termiczną podczerwień i z kamery o wysokiej rozdzielczości. Przyrząd ma za zadanie mapować mineralogię i morfologię powierzchni Marsa. THEMIS ma wymiary: 54,5 × 37 × 28,6 cm. Układ optyczny stanowi teleskop trójlustrzany (f/1,7; apertura efektywna 12 cm; ogniskowa 20 cm). Światło skupiane jest na czujniku zakresu widzialnego i podczerwieni (poprzez podzielnik wiązki). Detektor podczerwieni jest matrycą mikrobolometrów (320 × 240) o polu widzenia 4,6 × 3,5 stopnia. Jego pasmo pracy (6,6–15 μm) jest podzielone na 9 zakresów (środek zakresu; szerokość pasma w nawiasach): 6,62 μm (1,01 μm); 7,88 μm (1,09 μm); 8,56 μm (1,18 μm), 9,3 (1,18 μm), 10,11 μm (1,10 μm), 11,03 μm (1,19 μm), 11,78 μm (1,07 μm), 12,58 μm (0,81 μm), 14,96 μm (0,86 μm). THEMIS ma rozdzielczość około 100 m/piksel. Czujnik światła widzialnego ma matrycę krzemową, 1024 × 1024, o polu widzenia 2,9 stopnia. Rozdzielczość przyrządu wynosi 18 m/piksel. Pasmo czułości jest podzielone na 5 podzakresów (środek zakresu): 423; 553; 652;