W przeciwieństwie do wielu gitarzystów jazzowych, Towner unika gry na gitarze elektrycznej, używając 6- i 12-strunowych gitar o nylonowych strunach. W konsekwencji, występuje z reguły w małych grupach muzyków grających najczęściej na instrumentach akustycznych, kładąc nacisk na dynamikę i wzajemne relacje pomiędzy muzykami i instrumentami. Towner uzyskuje często specyficzny efekt perkusyjny wplatając między struny gitary papier bądź inne materiały. Zarówno z grupą Oregon, jak i w swoich solowych nagraniach, wykorzystuje często technikę overdubbingu, co pozwala mu grać na fortepianie (lub syntezatorze) oraz gitarze w tym samym utworze; najbardziej znacząco wykorzystuje tę technikę na albumie z 1974 Diary, gdzie gra duety fortepianowo-gitarowe w większości spośród 8 zamieszczonych na albumie utworów. W latach 80. Towner używał też bardzo często syntezatora Prophet V, jednak w późniejszym czasie dominującą rolę w jego muzyce odgrywała gitara.