24 grudnia 2008 Konaté znalazł się dopiero na trzeciej pozycji w ogłoszonym składzie Rady Narodowej na rzecz Demokracji i Rozwoju (CNDD, Conseil National de la Démocratie et du Developement), organu rządzącej junty wojskowej. Na jej czele stanął Camara. Z tego powodu w głównych koszarach wojska w stolicy zwolennicy Konaté wszczęli bunt i zażądali oddania władzy w jego ręce. Kwestię przywództwa dwaj wojskowi zgodzili się rozstrzygnąć na drodze losowania. Kartkę papieru z napisem „prezydent” ze słoika po majonezie (z którego losowano) wyciągnął, i to dwukrotnie (losowanie powtórzono), Camara. Konaté otrzymał w zamian stanowisko wiceprezydenta CNDD.
14 stycznia 2009 objął stanowisko ministra obrony w rządzie premiera Kabiné Komary.
Pełniący obowiązki prezydenta Gwinei 3 grudnia 2009 po próbie zabójstwa Moussy Dadis Camary i jego hospitalizacji w Maroku, objął na czas jego nieobecności władzę w Gwinei. 5 grudnia 2009 powrócił w tym celu z podróży do Libanu.