W okresie wojny We wrześniu 1939 wraz z grupą działaczy przedostał się do Warszawy. Był żołnierzem Robotniczej Brygady Obrony Warszawy. Po kapitulacji Warszawy przedostał się na tereny okupacji radzieckiej. Powrócił stamtąd po dwóch miesiącach do Łodzi.

Po 1939 początkowo związany z PPS-WRN, jednak wskutek sporów z kierownictwem w marcu 1941 został wraz ze swoją grupą kierującą okręgiem łódzkim usunięty z organizacji. Grupa ta przyłączyła się do środowisk radykalnie lewicowych, tworząc we wrześniu 1941 organizację Polscy Socjaliści. Na Zjeździe założycielskim Henryk Wachowicz ps. Aleksander wszedł do Komitetu Centralnego, obejmując sprawy organizacyjne. Po śmierci Adama Próchnika 22 maja 1942 objął kierowanie organizacją. 28 lipca 1942 wskutek wejścia agenta Gestapo w szeregi konspiracji, został aresztowany. Spowodowało to paraliż organizacji. Dodatkowym elementem było wypuszczenie 30 lipca Wachowicza na wolność przez Gestapo w zamian za ujawnienie kuriera rządu londyńskiego oraz redaktora naczelnego „Robotnika”. Wokół tego zwolnienia i roli Henryka Wachowicza istnieją kontrowersje, które spowodowały również spadek zaufania do organizacji. Według Jana Mulaka Henryk Wachowicz był jak najzupełniej niewinny, usiłując oszukać GestapoJan Mulak, Dlaczego?, Warszawa 2006, s.