W lubelskiej PPS Od 6 maja 1945 członek Rady Naczelnej koncesjonowanej PPS. Od lipca 1945 członek Centralnego Komitetu Wykonawczego PPS. Poseł do KRN od maja 1945. Sekretarz wojewódzkiej organizacji PPS w Łodzi. Od 4 kwietnia 1946 do 31 lipca 1946 jako jedyny spoza PPR wiceminister Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego. 16 stycznia 1946 odznaczony Złotym Krzyżem Zasługi, a 19 lipca 1946 Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski. W lipcu 1946, korzystając z nieobecności ministra Stanisława Radkiewicza, wypuścił z więzienia aresztowanego działacza PPS Antoniego Wąsika. Po kilku dniach Stanisław Radkiewicz uchylił tę decyzję, ponownie aresztując Antoniego Wąsika. W wyniku tej decyzji Henryk Wachowicz złożył dymisję z funkcji wiceministra MBP. Naraził się sojuszniczej PPR, publikując w łódzkiej piśmie PPS „Kurierze Popularnym” trzy listy otwarte do symbolicznego „drogiego Edwarda” z PPR i domagając się w nich partnerskiej równości, sprawiedliwego rozłożenia ciężarów i przywilejów pomiędzy partie wchodzące w skład jednolitego frontu. Z listami tym polemizował osobiście Władysław Gomułka. Listy potępiły również władze „lubelskiej” PPSDziennikarstwo i polityka, Kraków 2009, s. 146.