W zasadzie cały kraj jest wyżynny ze średnią wysokością 1500 m n.p.m. Obszar wyżynny stopniowo obniża się ku południu w kierunku kotliny Jeziora Wiktorii. W zachodniej części Ugandy Wyżyna Wschodnioafrykańska urywa się gwałtownie i przechodzi w tektoniczny Rów Środkowoafrykański. Znajdują się tam dwa duże jeziora, pomiędzy którymi wznosi się zrębowy masyw Ruwenzori. Najwyższym szczytem tych gór i całej Ugandy jest Szczyt Małgorzaty o wysokości 5109 m n.p.m.
Poza wyżej wymienioną górą, w Ugandzie znajdują się inne obszary górskie. Drugim co do wielkości obszarem górskim jest masyw wulkaniczny z wysokim na 4127 m n.p.m. wygasłym wulkanem - Elgon. Stożek położony jest tuż przy granicy z Kenią, na wschodnim krańcu Ugandy.
Sama wyżyna jest porozcinana wysoko położonymi dolinami, oraz górami wyspowymi. Poza obniżeniem Rowu Środkowoafrykańskiego, na północnym zachodzie kraju leży dolina Nilu Alberta. 400px|left|thumb|Szczyt Małgorzaty