Fauna thumb|250px|Kraska abisyńska w Ugandzie. Jeszcze w XIX w. świat zwierząt w Ugandzie był bardzo bogaty, zarówno w liczbę gatunków jak i liczebność sztuk. W wyniku działań ludzkich w XX w., a zwłaszcza podczas wojny domowej (odstrzał w celach aprowizacyjnych), świat zwierząt uległ znacznemu wyniszczeniu. Najmniej ucierpiały żyjące nad wodami hipopotamy i krokodyle. W górach Wirunga znajduje się jedno z ostatnich miejsc występowania goryla górskiego.
Uganda reprezentuje typowy dla sawann zwierzyniec, głównie antylopy, żyrafy, bawoły i wielkie koty, takie jak lwy i gepardy. Z ptaków powszechne są strusie i flamingi żyjące nad wodami jezior. Świat ptaków w porównaniu z liczbą gatunków ssaków jest o wiele bogatszy. W Ugandzie istnieje 1061 gatunków ptactwa. Jednym z ważniejszych przedstawicieli ptaków jest koronnik szary, będący symbolem kraju widniejącym na godle Ugandy obok gazeli. Ciekawym gatunkiem jest także żyjący nad wodami trzewikodziób, z charakterystycznym dziobem. W wodach wielkich jezior żyje stosunkowo mała liczba gatunków ryb, głównie są to okoń nilowy i sum.