była też bardziej mroczna i dynamiczna od części pierwszej, mniej natomiast posągowa. Spotkała się ona z ostrą krytyką, można było bowiem uznać ukazaną w filmie krwawą opryczninę za analogię do stalinowskiej przemocy, a brutalnego cara za odpowiednik Stalina. Eisenstein, obawiając się poważnych oskarżeń o nieprawomyślność, wyraził wolę wprowadzenia do filmu poprawek i listopadzie 1946 napisał list, w którym prosił Stalina o udzielenie mu takiej możliwości. Stalin spotkał się z reżyserem oraz grającym cara w filmie Eisensteina aktorem Nikołajem Czerkasowem 25 lutego 1947 roku na Kremlu w towarzystwie Wiaczesława Mołotowa i Andrieja Żdanowa. W czasie rozmowy film został całkowicie skrytykowany, reżyserowi odmówiono też pozwolenia na wprowadzenie poprawek oraz nakręcenie planowanej części trzeciej. Eisenstein bardzo przeżył odrzucenie drugiej części, dostał zawału serca (kolejny zawał, którego doznał rok później miał okazać się dla reżysera śmiertelny). Premiera Spisku bojarów odbyła się dopiero w 1958 roku.