Denver Nuggets (2009-2012) 13 lipca 2009 roku stał się wraz z Walterem Sharpem przedmiotem wymiany z Denver Nuggets. W zamian za dwóch graczy „Tłoki” otrzymały wybór w drugiej rundzie draftu w 2011 roku oraz uwolniły blisko 1.8 miliona dolarów z puli salary cap. Następnie 31 października 2009 Denver Nuggets skorzystali z zapisu w umowie Afflalo i przedłużyli jej obowiązywanie do końca rozgrywek 2010/11. Dzięki temu Afflalo za ten sezon zarobił 1 959 577 dolarów.
10 listopada 2009 Afflalo pierwszy raz zagrał w wyjściowym składzie przeciwko Chicago Bulls. Miejsca w pierwszej piątce nie oddał już do końca sezonu. 25 stycznia 2010 w starciu z Charlotte Bobcats wyrównał rekord kariery, zdobywając 24 punkty. Ustanowił też nowy rekord, trafiając aż sześć rzutów za 3 punkty. 12 kwietnia 2010 po raz pierwszy w swojej karierze uzyskał Double-double, zdobywając 22 punkty i notując 13 zbiórek w meczu przeciwko Memphis Grizzlies. Sezon zasadniczył zakończył na 8. miejscu w lidze pod względem skuteczności rzutów za 3 punkty. Trafiał ze skutecznością 43.4%.