Okres okupacji W latach okupacji niemieckiej przy ulicy Lipskiej funkcjonowała konspiracyjna drukarnia. Część mieszkańców Saskiej Kępy zaangażowana była w udzielanie pomocy Żydom – jedną z osób, która przetrwała część wojny ukrywając się na Saskiej Kępie była rzeźbiarka Magdalena Gross.
Po II wojnie światowej Saska Kępa była jedną z najmniej zniszczonych w czasie wojny części miasta. Zniszczenia zabudowy szacowano na ok. 20%. Powstała tam lokalna pracownia Biura Odbudowy Stolicy, która opracowała kompleksowy projekt odbudowy.
W 1946 r. została włączona w skład dzielnicy Praga-Południe. Znalazła się tym samym w tej samej jednostce administracyjnej, co obszary rozwijające się dotąd zupełnie odmiennie. Odgórne decyzje przyczyniły się również do zakłócenia jej dotychczasowego stylu – głównie poprzez lansowanie budowy domów mieszkalnych pozbawionych walorów architektonicznych. Dotychczasowy charakter Saskiej Kępy nie odpowiadał bowiem założeniom komunistycznych władz rządzących Polską po zakończeniu II wojny światowej. Krytykowano go m.in. na łamach „Stolicy”, gdzie w 1950 roku pisano: