Produkcja Pomysł na realizację Królika po berlińsku pojawił się trakcie nauki Bartosza Konopki w Szkole Wajdy. Podczas jednego ze spotkań z Marcelem Łozińskim reżyser opowiadał, że jednym z jego niezrealizowanych projektów był film poświęcony zasłyszanej historii o dwóch murach, pomiędzy którymi „rosła zielona trawa, a po niej biegały tysiące białych królików”. Pomysł wnet przechwycił Konopka, dodając po latach od siebie, że „w 1989 jak padał mur, to wszyscy interesowali się ludźmi, kamery skierowane były na górę, a na dole przecież odbywał się ten inny, szczególny exodus”. W polskiej wersji językowej wystąpiła Krystyna Czubówna, powszechnie znana jako lektor filmów przyrodniczych. Łączny budżet filmu wyniósł 863 507 zł.
Odbiór Dominika Gwit podkreślała, że uwięzienie królików w strefie śmierci Muru Berlińskiego można było odczytywać jako sytuację podobną do zniewolenia mieszkających w Berlinie Wschodnim obywateli Niemieckiej Republiki Demokratycznej. Albowiem w latach 1961–1989 śmierć poniosło 200 osób próbujących przedostać się przez mur z Berlina Wschodniego do Berlina Zachodniego. „Ludzką tragedię i absurd życia w państwie totalitarnym Konopka doskonale pokazał oczami tych małych zwierząt, które tak jak wówczas Niemcy, znalazły się w nienaturalnych warunkach”.