W 2001 nawiązał w imieniu swojej formacji współpracę z Partią Nowej Demokracji, doprowadzając do konfederacji obu ugrupowań, przekształconej następnie w jednolity Litewski Ludowy Związek Chłopski (LVLS).
Po 2004 czasowo wycofał się z działalności politycznej. Powrócił do niej w 2009, stając na czele partii. Zastąpił na tym stanowisku Kazimirę Prunskienė, która ustąpiła po porażkach wyborczych LVLS. W 2012 objął funkcję przewodniczącego w ramach zreorganizowanego ugrupowania pod nazwą Litewski Związek Rolników i Zielonych (LVŽS). W 2014 z ramienia tej partii został wybrany do Parlamentu Europejskiego VIII kadencji, jednak odmówił objęcia mandatu.
W wyborach w 2016 ponownie uzyskał mandat posła na Sejm Republiki Litewskiej. Kierowana przez niego formacja wygrała wówczas wybory, współtworząc następnie rząd Sauliusa Skvernelisa. Ramūnas Karbauskis nie objął żadnej funkcji w nowym gabinecie, został przewodniczącym frakcji poselskiej oraz przewodniczącym komisji ds. kultury.