Joe Alexander liderował zespołowi, zdobywając średnio 16,9 punktów i 6,4 zbiórek na mecz, a dokonywał tego w przeciętnie 31,9 minut na parkiecie. Turniej NCAA zakończył ze średnimi 18 punktów i 9,6 zbiórek na mecz.
Kariera w NBA 9 kwietnia 2008 zadeklarował chęć przystąpienia do draftu NBA. Był opisywany jako najlepszy pod względem atletycznym zawodnik biorący udział w drafcie. Został wybrany z numerem 8 przez Milwaukee Bucks. W NBA Summer League, w 2008 uzyskiwał średnio 9,2 punktu, 3,6 zbiórki i 1,2 bloku. 7 grudnia 2008 w przegranym meczu z Los Angeles Lakers zdobył najwięcej punktów w zespole - 15. Najbardziej udany pod względem ilości zdobywanych punktów był dla niego styczeń, kiedy to osiągnął średnią 5,8 punku na mecz.
Przed sezonem 2009/2010 zespół z Milwaukee oddał w wymianie skrzydłowego z pierwszej piątki, Richarda Jeffersona, co potencjalnie zwolniło dodatkowe minuty gry dla Joe. Jednakże w wyniku kontuzji ścięgna podkolanowego prawej nogi Alexander opuścił pierwsze tygodnie sezonu.
30 października 2009 Bucks ogłosili rezygnację z opcji pozwalającej na przedłużenie kontraktu z zawodnikiem na trzeci sezon.