W styczniu 2009 swoim kandydatem wybrały go Socjalistyczna Partia Chile (PS) oraz Partia dla Demokracji (PD). Ponieważ czwarta z partii tworzących koalicję, Socjaldemokratyczna Partia Radykalna (PRSD), wybrała własnego kandydata, José Antonio Gómeza, konieczne stało się przeprowadzenie prawyborów. W prawyborach w kwietniu 2009 Frei uzyskał 65% głosów, pokonując rywala. 22 sierpnia 2009 został ogłoszony oficjalnym kandydatem Concertación w wyborach w 2009. 12 września 2009 zarejestrował swoją kandydaturę w komiji wyborczej. 100px|center|Marco Enríquez-Ominami kandydat niezależny Marco Enríquez-Ominami, członek Socjalistycznej Partii Chile (PS), 15 grudnia 2008 ogłosił gotowość do rywalizacji w partyjnych prawyborach, ostatecznie jednak nie uczynił tego. 8 stycznia 2009 ogłosił udział w prawyborach Concertación jako kandydat niezależny, jednak i tym razem nie przedłożył ostatecznie swojej kandydatury. 13 czerwca 2009 wystąpił z PS i ogłosił start w wyborach prezydenckich jako kandydat niezależny. We wrześniu 2009 uzyskał poparcie ze strony chilijskiej partii zielonych, Partido Ecologista i Partii Humanistycznej. 10 września 2009 zarejestrował swoją kandydaturę w komisji wyborczej.