W 1941 roku HSV przeszedł rozgrywki regionalne bez straty punktu i wygrał fazę grupową mistrzostw kraju. W półfinale uległ jednak Schalke 04 Gelsenkirchen w dwumeczu (1:0 i 0:3). Do 1945 roku Hamburger SV nie osiągnął już więcej sukcesów w niemieckim czempionacie. W wyniku wojny zmarło kilku zawodników HSV, w tym Rudolf Noack, Werner Höffmann i Eugen Kahl. Swoje pierwsze spotkanie po zakończeniu wojny HSV rozegrał 16 lipca 1945 na swoim stadionie Rothenbaum i wygrał 2:0 z Altoną 93.
1945–1963